永乐宫精华的部分，当数元代壁画。壁画总面积为1005 ．68平方米（包括拱眼壁画）。壁画构图分两种形式：龙虎殿和三清殿为大型人物仪仗形式；纯阳、重阳两殿为山水人物故事组画形式。
龙虎殿（无极门）原为永乐宫的山门。殿身面宽五间，进深两间四椽，单檐庑殿顶。门上正中悬“无极之门”竖匾，为元代参知政事枢密副使商挺所书。殿内后槽两梢间的三面墙上绘神荼、郁垒、城隍、土地等诸神32尊。壁画面积为80．10平方米。
三清殿（无极殿）面宽七间，进深四间八椽，单檐庑殿顶。壁画内容为《朝元图》，所谓朝元，即道府诸神朝谒元始天尊。是佛、道两教极为流行的一种构图形式。“三清”谓道教所尊的三位主神。即玉清元始夭尊（天宝君）、上清灵宝天尊（太上道君）、太清道德天尊（太上老君）。三神所居的天外仙境亦称玉清、上清、太清，简称“三清”，三清天或三清境。道教又有老子“一气化三清”之说，指“三清”都是元始天尊的化身。
纯阳殿，又名混成殿，俗称吕祖殿。因殿内供奉纯阳帝君像，故名。此殿面宽五间，进深三间，单檐歇山式屋顶。壁画面积212平方米，壁画内容为《纯阳帝君神游显化之图》。此图把吕洞宾一生的神话故事用52幅连环组画反映出来。每幅组画上隅有墨书榜题，述及所绘故事内容，据画面题记，为元至正十八年（1358年），由禽昌（今山西襄汾）朱好古门人张遵礼、李弘宜等人所作。该殿后门门楣上方和神龛背后分别绘有《八仙过海图》、《钟吕论道图》。《钟吕论道图》堪称精典之作。作者将两个主题人物置于山水盛境中，钟离权神情爽朗，开怀畅谈，吕洞宾俯首凝神，静听教诲，师徒之间截然不同的形象和感情变化，被刻画得淋漓尽致。
重阳殿，又名七真殿，曾名袭明殿。面宽五间，进深四间六椽，单檐歇山顶。殿内原奉道教全真派创始人王重阳及其弟子“七真人”。壁画内容为《王重阳神话传记图》，共计49幅。构图形式与纯阳殿相同。壁画面积为158平方米。扇面墙背后三清像两侧侍女像面相丰润俊逸、神态雍容华贵，衣饰富丽精致，飘带临空当风，手捧珊瑚如意，姿态非凡。笔法功力仍有唐宋画风，是全殿的精彩部分。
纯阳殿与重阳殿画面中的亭台楼阁、人物装束、城镇街市、酒肆茶馆、园林山水以及三教九流均有所反映，是研究宋、金、元时期社会风貌的珍贵史料。
